เมื่อวันที่ 17-21 มกราคม 2560 คณะกรรมการอิสลามประจำกรุงเทพมหานครได้เดินทางไปเยี่ยมเยียนพี่น้องประชาชนที่ประสบอุทกภัยในภาคใต้ในพื้นที่จังหวัดสุราษฎร์ธานี,นครศรีธรรมราช,พัทลุงและตรัง
สืบเนื่องมาจากเกิดฝนตกหนักและมีน้ำท่วมในภาคใต้จำนวน 12 จังหวัด ตั้งแต่เดือนธันวาคม 2559 และเดือนมกราคม 2560 คณะกรรมการอิสลามประจำกรุงเทพมหานครได้มีการประชุมเมื่อวันที่ 6 มกราคม 2560 และมีมติอนุมัติให้นำเงินของสำนักงาน กอ.กทม. จากกองทุน “สวัสดิการสังคม” ไปช่วยเหลือพี่น้องประชาชนที่ได้รับความเดือดร้อน จำนวน 300,000 บาท และมีมติให้มีผู้แทนของ กอ.กทม. เดินทางไปเยี่ยมเยียนพี่น้องประชาชนที่ประสบภัยครั้งนี้ ที่จังหวัดสุราษฎร์ธานี นครศรีธรรมราช พัทลุง และตรัง หลังจากนั้น ประธานกรรมการอิสลามประจำกรุงเทพมหานคร (นายอรุณ บุญชม)ได้มีหนังสือแจ้งข่าวขอความร่วมมือในการบริจาคไปถึงอิหม่ามประจำมัสยิดในกรุงเทพมหานครทุกแห่ง และมีการประชาสัมพันธ์ถึงภาคประชาสังคมโดยทั่วไป ต่อมามัสยิดต่างๆได้รวบรวมน้ำใจจากพี่น้องมุสลิมในแต่ละชุมชน นำเงินสดมามอบให้สำนักงานและมีบางส่วนได้โอนเงินเข้าบัญชีของสำนักงานคณะกรรมการอิสลามประจำกรุงเทพมหานคร
นอกจากนี้ได้มีภาคเอกชนบางราย ได้ร่วมบริจาคสมทบ เช่น นายอิสมาแอน หลังสัน จำนวน 200,000 บาท และมีพี่น้องต่าศาสนิกได้ร่วมบริจาคอีกหลายราย เช่น นายประเสริฐ ชะเอมน้อย จำนวน 100,000 บาท นายธนาเศรษฐ์ วรชาติเมธินันท์ จำนวน 10,000 บาท และอดีต ส.ส.สุทธิชัย จรูญเนตร จังหวัดอุบลราชธานี จำนวน 3,000 บาท
อนึ่งในการเดินทางไปเยี่ยมเยียนพี่น้องผู้ประสบอุทกภัยในครั้งนี้ คณะกรรมการอิสลามประจำกรุงเทพมหานครได้นำน้ำใจจากพี่น้องชาว กทม. เป็นเครื่องอุปโภคบริโภคและน้ำดื่มจัดทำเป็นถุงยังชีพไปช่วยเหลือ จำนวน 2,975 ชุด/ครอบครัว และมอบเงินสดช่วยเหลือครอบครัวละ 500 บาท อีกจำนวน 800 ครอบครัว (เป็นเงินสด 400,000 บาท) รวมยอดน้ำใจจากผู้มีจิตกุศลและของคณะกรรมการอิสลามประจำกรุงเทพมหานครรวมกันที่นำไปมอบในการเยี่ยมเยียนครั้งนี้ เป็นมูลค่าทั้งหมด จำนวน 1,287,163.25 บาท (หนึ่งล้านสองแสนแปดหมื่นเจ็ดพันหนึ่งร้อยหกสิบสามบาทยี่สิบหน้าสตางค์) และขณะนี้ยังมีเงินที่มัสยิดต่างๆส่งเข้ามาใหม่อยู่ที่สำนักงานคณะกรรมการอิสลามประจำกรุงเทพมหานครอีกจำนวน 176,697.25 บาท เพื่อรอสมทบนำไปให้ความช่วยเหลือในรอบที่ 2 ต่อไป
สำหรับคณะกรรมการอิสลามประจำกรุงเทพมหานครที่เดินทางไปเยี่ยมผู้ประสบอุทกภัยทั้ง 4 จังหวัด เมื่อ 17-21 มกราคม 2560 ประกอบด้วย นายสมัย เจริญช่าง ฝ่ายนโยบายและยุทธศาสตร์องค์กร นายทวิช อารียะกิจโกศล ฝ่ายกองทุนซะกาตและสวัสดิการสังคม นายกอเซ็ม มั่นคง ฝ่ายส่งเสริมกิจการฮัจย์ นายชาตรี แอนดาริส ฝ่ายส่งเสริมพัฒนาครอบครัว และมีจิตอาสา คือ นายจรัล ซัลอาลี พร้อมด้วยเจ้าหน้าที่สำนักงานอีก 2 คน